どうすれば大量のmysqlテーブルを整理できますか？

MySQLにとって意味のあるテーブルを階層的に編成する方法はありません。

他の人が指摘しているように、（MySQLではデータベースで）個別のスキーマを維持することも、ユーザーにとって意味のある方法でテーブルを編成するテーブル命名構造を開発して使用することもできます（ただし、MySQLにとっては意味がありません）。