エンティティフレームワークは、where句に追加の条件を追加します

https://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.data.entity.infrastructure.dbcontextconfiguration.usedatabasenullsemantics(v=vs.113).aspx

現在の動作が気になる場合は、UseDatabaseNullSemanticsの設定を検討してください。 trueに 。

public class MyContext : DbContext
{
    public MyContext()
    {
        this.Configuration.UseDatabaseNullSemantics = true;
    }
}

または

myDbContext.Configuration.UseDatabaseNullSemantics = true;