INSERTに存在しない列を無視する方法はありますか？

あなたの現在のテクニックは十分実用的なようです。小さな変更が1つだけです。

エラーを待ってから列を1つずつ作成するのではなく、スキーマをエクスポートし、差分を実行して、すべてのテーブルで欠落しているすべての列を見つけることができます。

そうすれば、作業が少なくなります。

GUIはスキーマのみをエクスポートできるようになるか、mysqldumpの次のスイッチが不足しているすべての列を見つけるのに役立ちます。

mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql

dbdump1.sqlとdbdump2.sqlを区別すると、両方のデータベースですべての違いが得られます。