クエリビルダーの条件付きパラメーター

ここには「どこで」の条件が必要だと思います。または、whereは、一方または他方、あるいは両方のルールに一致することを意味します。 「そしてどこで」は、両方のルールが一致する場合にのみ機能します。

だから私はこれを試すことをお勧めします：

$users = User::with('skills')
->with('skills')
->with('positions');
if($skills)
{
    $users->whereHas('skills', function($thisquery) use ($skills)
    {
       $thisquery->whereIn('name', $skills);
    });
 }

if($positions)
{
    $users->whereHas('positions', function($thisquery) use ($positions)
    {
         $thisquery->whereIn('name', $positions);
    });
}
$users = $users->get();