where条件が異なる2つの更新クエリを組み合わせる方法

次のようなCASE式を使用できます：

UPDATE Special_quota 
set Status = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 1 else 0 end,
    additional_msg_quota = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 30 else 0 end