私が見ることができる2つの問題：
メンテナンス-何千ものデータベースがある場合、データベースに変更を加える（テーブル構造の変更、SPの変更など）のは面倒です。確かに変更をスクリプト化することはできますが、多くのデータベースでは、問題が発生する可能性が高くなります。スクリプトが途中で失敗し、変更のあるデータベースと変更のないデータベースが残っている場合はどうしますか？また、別の投稿者が言及しているように、接続文字列、ログイン/パスワードなどのメンテナンスについてはどうですか？
リソース-データベースの各インスタンスがどのリソースを使用しているかはわかりませんが、その数のデータベースを実行するにはオーバーヘッドが必要です。複数のマシンに分割すると、上記のメンテナンスの問題が再び発生します。