joomla DBの現在のリソースを使用せずに、joomlaインスタンスから外部データベースに接続できます。これを試してください:
<?php
$option = array(); //prevent problems
$option['driver'] = 'mysql';
$option['host'] = 'dbase.host.com';
$option['user'] = 'login';
$option['password'] = 'pwd';
$option['database'] = 'anotherdb';
$db = & JDatabase::getInstance( $option );
?>
これに関する詳細については、 Joomla!を確認してください。ドキュメント