MySQLの単純な選択クエリは遅い

1億1000万件のレコードがあるので、問題のトラックIDを持つエントリがたくさんあるとは想像できません。

(trackID1, sim )
(trackID2, sim )
(tracksimID, sim)

ユニオンを介してPREQUERYを実行し、その結果に参加します

select STRAIGHT_JOIN
      TS2.*
   from
      ( select ts.tracksimID
           from tracksim ts
           where ts.trackID1 = 168123
             and ts.sim > 0.5
        UNION
        select ts.trackSimID
           from tracksim ts
           where ts.trackid2 = 168123
             and ts.sim > 0.5 
      ) PreQuery
      JOIN TrackSim TS2
         on PreQuery.TrackSimID = TS2.TrackSimID
   order by
      TS2.SIM DESC
   LIMIT 0, 100