Codeigniter Select_Sumは数値ではなく配列を返しますか？

これはまだクエリなので、結果を処理する必要があります。モデルをこれに変更してみてください...

function Dues_Paid_Tot($date)
{
    $query = $this->db->select_sum('Dues_Paid', 'Dues_Paid_Tot');
    $query = $this->db->get('Membership');
    $result = $query->result();

    return $result[0]->Dues_Paid_Tot;
}