MySQLではINNODBがデフォルトで有効になっていますか？

InnoDBはMySQL4.0から存在しており、OEMベンダーに提供されているものなど、一部の特別なリリースを除いて、ほとんどのリリースにコンパイルされています。

一部の（非常に安価な）ホスティングプロバイダーは、少し多くのメモリを使用するため、これを無効にすることを選択します。ただし、ほとんどの場合、それらは少数派であるため、心配する必要はありません。

「デフォルトのストレージエンジン」という言葉も気にする必要はありません。これは、指定しないとどうなるかを意味します。つまり、

CREATE TABLE my_table (a int);
- instead of -
CREATE TABLE my_table (a int) ENGINE=INNODB;

mysqldumpから復元する場合は、ENGINE情報が保持されます。 InnoDBが存在しない場合、MySQLは自動的にMyISAMを置き換えます（この置き換えを回避するためにデフォルトのsql_modeを変更しない限り）。