おそらく、国/都市をDBでポリゴンとして表現してから、OpenGISスタイルのポリゴン交差関数を使用して交差させる必要があります。
しかし 、MySQLはしません ポリゴンの交差を適切に実装します（MBRのみ-最小境界長方形）。したがって、このアプローチは理論的には正しいものの、MySQLでは機能しません。 Postgresへの移行を検討することをお勧めします。
できることは、DBのMBR交差機能を使用して、ポリゴン/ポイント交差を実行する独自のコードでそれらを補足することです（これを実行するライブラリを見つけることができます）。