問題は、(関連する)$output配列からのjsonデータの形式です。あなたはそれらの「PER」をその中に入れたくないのです!次のコード行を置き換えてみてください:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
これらで:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
これにより、$outputが連想配列から整数の標準配列に変更されます。
印刷行は、jsonデータの周りに追加の角かっこを追加します-jqplotが必要とします。