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どうやらMySQLデータベースでグループ化することでうまくいくでしょう。
データベースの列は、main_id, sub_id, sub_main_id, sub_data
です。
SELECT *
FROM tblmain
inner join sub on sub.sub_main_id = main_id
group by main_id;
グループなしで私はこれらのレコードを持っています:
1, 1, 1, 'test 1'
1, 2, 1, 'test 2'
2, 3, 2, 'test 3'
3, 4, 3, 'test 4'
2, 5, 2, 'test 5'
グループ化すると、次の結果が得られます:
1, 1, 1, 'test 1'
2, 3, 2, 'test 3'
3, 4, 3, 'test 4'