MySqlは、インデックスがテーブル行の30％を超えるアクセスを発生させる場合、インデックスを無視できます。FORCEINDEX [index_name]を試すことができますが、どのような場合でもインデックスを使用します。
sysvar_max_seeks_for_keyの値は、インデックスが使用されるかどうかにも影響します。
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http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_max_seeks_for_key
この値を小さい数値に変更してみてください。
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