これはほぼ1年後のことですが、誰かがあなたの状況にあり、正しい答えを探している場合に備えて。
3番目のテーブルでリンクされた2つの別個のデータ型がある場合、SequelizeのBelongToMany（Through）を探しています。
したがって、あなたの場合、3番目のモデルであるUserMasterを定義する必要があります。 UserMasterに、user_id（PartnerTxn属性と同じ）とowner（Account属性と同じ）の2つの属性を指定します。
次に、これを行います：
Account.belongsToMany(PartnerTxn, {through: 'UserMaster'});
PartnerTxn.belongsToMany(Account, {through: 'UserMaster'});
詳細については、ドキュメント を参照してください。 情報があります。