結合を使用してJPAリポジトリクエリを定義するにはどうすればよいですか？

JPAは、マッピングアノテーションのおかげでエンティティがどのように関連付けられているかをすでに知っているため、JPAにON句は必要ありません。

さらに、applicationを選択しています 、これはクエリで定義されたエイリアスではありません。

そして、あなたの参加は意味がありません。

クエリは単純に

select application FROM Application a
join a.customer c 
join c.users u
where u.id = :userId

Hibernateのドキュメントを読んで、HQLと結合がどのように機能するかを理解してください。