mysqlのJOINで列名が重複しています

内部クエリでエイリアス列を指定する必要があります

SELECT COUNT( * )
FROM (

  SELECT t.*
  FROM `user` `t`
  JOIN `user_relation` r ON ( t.user_id = r.follower_id
  OR t.user_id = r.user_id )
  WHERE r.status = "active"
  AND (
    r.user_id =125
    OR r.follower_id =125
  )
  AND t.user_id !=125
  GROUP BY t.username
)sq

count(*)に興味があるので どちらかを返すことができるのはあなただけですt.* またはr.* または任意の1つの列、条件は内部クエリの列名必須 一意であるか、テーブルエイリアス名のプレフィックスが付いているよりも両方のテーブルで同じである場合。