UNIX_TIMESTAMP関数を使用します。
SELECT (UNIX_TIMESTAMP(mydate)*1000) FROM...
UNIX_TIMESTAMPは秒を取得し、ミリ秒を取得するには1000を掛ける必要があります。
元に戻すには、FROM_UNIXTIME（）関数を使用します。
SELECT FROM_UNIXTIME(date_in_milliseconds/1000) FROM ...
繰り返しになりますが、関数を使用する前に、1000で割って秒にする必要があります。