このメッセージの原因となる既知の事項が少なくともいくつかあります：
- tmpdirのディスク容量が不足しているため、tmpfileを作成できませんでした。
- sort_buffer_sizeを割り当てるためのメモリが不足しています。
- 誰かがファイルソートの途中でKILLを実行しました。
- 一部のクエリの並べ替え中にサーバーがシャットダウンされました。
- ロック待機タイムアウトまたはデッドロックが原因で、トランザクションがロールバックまたは中止されました。
- ソーステーブルやtmpテーブルなどの予期しないエラーが破損していました。
- サブクエリの処理に失敗しましたが、これも並べ替えでした。
これらを確認してください。問題は解決されると思います。