個別のmysqlで更新することを選択します

UPDATE table AS t
  JOIN table AS tt
    ON t.initials = tt.initials
     AND t.surname = tt.surname
     AND t.company = tt.company
     AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;

つまり、行ごとに、イニシャル、名前、会社が同じで、IDが低い別の行が存在する場合は更新します。

これがsqlfiddle です。