正直なところ、それらがあなたにとってブロッカーである場合は、Djangoを使用しないでください。私はDjangoの非常に強力な支持者ですが、それがニーズに合わないと感じた場合は、他の何かを使用する必要があります。
私はそれらが固執するのは奇妙なことだと言わなければなりません。中間M2Mテーブルの余分な主キーフィールドがなぜ問題になるのか想像できません。 （ただし、PKを含む複合フィールドは今年のSummer of Codeプロジェクトの対象であり、マージする準備ができているようです。 https://groups.google.com/forum/#!topic/django-developers/CD7OrkJ63zc ）
繰り返しになりますが、SQLレベルでデフォルトがないことが「生活を困難にする」理由を理解するのは困難です。デフォルトが適用されるDjangoのORMを介してすべてを実行している場合、違いはありません。さらに、エイドリアンがそのチケットで述べたように、SQLでそれを行うと、呼び出し可能なデフォルトなどが不可能になるため、実際には現在の機能が低下します。
また、これらの比較的些細な詳細が、Djangoが提供する大きなメリット（表現力豊かなORM、テンプレート言語、活発なコミュニティ、膨大な数のサードパーティアプリ）を覆い隠している理由についても考えておく必要があります。それが本当にうまくいかない場合は、他のものを自由に選択できます。