多数の行に対するMySQLdbエラーのexecutemany

max_allowed_packetを設定してみてください パラメータ1回のセッションのみ ：

sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)

これが機能する場合は、コードをそのままにするか、my.cnfファイルを変更することができます（これにより、executemanyの問題が解決されることがわかっています）。