何が問題を具体的に引き起こしているのかはわかりませんが（RDSクラスター側で開いている接続が何らかの形で壊れた状態になる可能性があるようです）、積極的な接続プールと再利用によって問題が悪化しているようですMySQL.NETコネクタで発生するクライアント側。
問題が発生すると、影響を受けた接続はプールにとどまり、プールから任意にピックアップされ、何度も再利用されているように見えます。 （問題が発生した後も、問題がランダムに発生し続けることをどのように見ているかに関連している可能性があります。）
Connection Lifetime =x<を追加します/ code>
接続文字列に対して、xは、接続が再利用のために存続している秒単位の時間であり、少なくとも症状を軽減するようです。