Knex.jsのシード機能は、実行順序の保証を提供しません。各シードは、単独で実行できるように作成する必要があります。単一ファイルのアプローチは正しいです。
個々のシードファイルをサブモジュールに分割する場合は、次のことを試してください。
// initial-data.js
var operatingSystems = require('./initial-data/operating-systems.js');
var servers = require('./initial-data/servers.js');
exports.seed = function(knex, Promise) {
return operatingSystems.seed(knex, Promise)
.then(function () {
return servers.seed(knex, Promise);
}).then(function() {
// next ordered migration...
});
}