DB（特にMySQL）でのメッセージングシステムの作成

ここであなたの質問がわかりません。

あなたの考えはこれを行う通常の方法です。 receive_idとmessage_idを使用してテーブルを設定し、それに対してクエリを実行して、（たとえば）特定のユーザーが持っているメッセージを判別します。アプリのニーズによっては、ユーザーがメッセージを読んだかどうかなど、追加のデータをこのテーブルに保存する必要がある場合もあります。