これ以上の情報がなければ不可能だと思います。挿入しようとしている行の数と影響を受ける行だけでは不十分です。
mysqli->info
重複カウントも提供する有用な文字列を返します-これから残りを計算できます。
list($rec, $dupes, $warns) = sscanf($mysqli->info, "Records: %d Duplicates: %d Warnings: %d"); // courtesy of user at big lake dot com - php.net
$inserts = $total_rows_affected - ($dupes * 2);
$updates = ($total_rows_affected - $inserts)/2;
$skipped = $rec - ($inserts + $updates);
$total = $rec;