PHP Webアプリケーションで複数のデータベースを使用するにはどうすればよいですか？

まず第一に、あなたは潜在的に何百もの接続を開き、クエリを実行してそれらを閉じ、それらを再び開くだけです。

2番目の接続ステートメントをループから外します。

次に、PHPに、どのコマンドがどの接続を対象としているかを伝える必要があります。例：

$query1 = mysql_query("SELECT * FROM emp", $dbcon1);

while($row = mysql_fetch_array($query1, MYSQL_NUM))
{
    mysql_query("INSERT INTO backup_emp VALUES(null,'$row[1]',$row[2])", $dbcon2);
}

最後に、両方の接続が同じユーザー名と同じパスワードで同じサーバーに接続されている場合、2つのmysql_connectステートメントは同じ接続IDになります。

そのため、2番目のconnectステートメントの4番目のステートメント（新しいリンク）をtrueに設定する必要があります。

$dbcon2 = mysql_connect(DB_SERVER, DB_USER, DB_PASSWORD, true)