アイドルタイムアウトは、プール内の未使用の接続が閉じられる/リサイクルされる前にプールに残る時間です。あなたが抱えているその問題は、使用後に接続を閉じていない可能性が高いです。
コードを修正して、接続が完了したら接続を閉じます。接続を閉じると、接続プールに解放され、再利用できるようになります。
一部の接続プールには、接続を使用できる時間の追加のタイムアウトがあり、その時間の後に接続をプールに強制的に戻します。その接続のユーザーには、接続が閉じられているように見えます。ただし、Glassfishプールにはこのオプションはないと思います。