ボットがPHPスクリプトでコードを実行するのを防ぐ方法は？

絶対確実ではありませんが、USER_AGENT文字列を確認し、「ボット」が存在しない場合にのみそのコードを実行できます。

if(stripos($_SERVER['HTTP_USER_AGENT'],'bot') === false){ }

これにより、robots.txtにも注意を払わないユーザーエージェント文字列に実際にボットが含まれているボットが停止します。