結合条件でFULLTEXT一致式を使用する必要があるようです。
結合条件でフルテキスト一致を使用したことがないため、これが機能するかどうかはわかりませんが、仮想的にはこれで機能する可能性があります。
SELECT DISTINCT c.*
FROM corpuses c JOIN searches s
ON (MATCH(c.title, c.body) AGAINST (s.term));
さて、MySQLマニュアルのテーブル定義といくつかのサンプルデータを使用して試してみました。動作するクエリは次のとおりです(MySQL 5.1.30でテスト済み):
SELECT *
FROM corpuses
WHERE MATCH(title, body)
AGAINST ( (SELECT GROUP_CONCAT(term SEPARATOR ' ') FROM searches)
IN BOOLEAN MODE);