mysqlの2つのテーブルからデータを取得すると、結合はここでは機能しません

私が正しく理解していれば、これで必要なことができるはずです：

$result = mysql_query("SELECT (specName, (IF EXISTS (SELECT * FROM user_specialty us WHERE s.id = us.sid AND us.uid = '$id' LIMIT 1))) FROM specialities s;");
while (list($spec, $checked) = mysql_fetch_array($result)) {
    // Do your outputting here.
}

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ご要望に応じて、質問について説明します。おそらくあなたを混乱させる部分は、このサブクエリです：

(IF EXISTS (SELECT * FROM user_specialty us WHERE s.id = us.sid AND us.uid = '$id' LIMIT 1))

IF EXISTS 直後の部分が「存在する」（結果を含む）場合、MySQLにTRUEまたはFALSEを返すように指示します。 SELECT * FROM user_specialty us WHERE s.id = us.sid AND us.uid = '$id' LIMIT 1 user_specialtyで行を検索するようにMySQLに指示するだけです ここで、s.id = us.sid （特殊IDが一致します）およびus.uid = '$id' （IDはユーザーのものです。）