あなたはおそらく答えをあきらめたと思いますが...
余分な時間のほとんどは、PHPスクリプトのロードとコンパイルにかかっていることがわかると思います。以前のアプリがApacheモジュールだった場合、それはプリコンパイルされ、常にロードされます。おそらく、PHPと比較して非常に高速にcで記述されています。
eacceleratorのようなphpアクセラレータを使用してみてください。共有メモリとプリコンパイルされたスクリプトを使用して、PHPアプリのパフォーマンスを劇的に向上させることがあります。
DC