MYSQLが誤ったINTEGER値エラーを切り捨てました

バイナリ文字列と非バイナリ文字列が混在している可能性があるため、連結の前にtagIdのみを文字として明示的にキャストしてみてください。

SELECT (CAST(GROUP_CONCAT(CONCAT(CAST(tagId AS CHAR), '|', tagName) separator '~') AS CHAR(10000) CHARACTER SET utf8))