適切な権限がある場合は、MySQLでLOAD DATA INFILEを使用して直接行うことができます。 コマンドについては、http://dev.mysql.com/を参照してください。 doc / refman / 4.1 / en / load-data.html
またはmysqlimport ユーティリティについては、http://dev.mysql.com/doc/を参照してください。 refman / 4.1 / en / mysqlimport.html
どちらの方法でも、データを入力する列を指定できます。例：
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
または
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
PHPから実行する場合は、CSVファイルの各行を読み取り、適切な列に名前を付けて適切なSQL INSERTクエリを実行できるはずです（ただし、MySQLで直接実行するほど効率的ではありません）。
編集：これまでに試したことや難しいと感じていることについては言及していないことを付け加えておきます。特に何かにこだわっている場合は、それを実行する方法についての提案を探すだけでなく、質問を更新してそのように言ってください。