私はあなたが欲しいと思います:
INSERT INTO Contacts (id,group_id,company_id,email,name)
SELECT co.id,co.group_id,co.id,co.email,co.name
FROM company co
LEFT JOIN contacts c ON co.id = c.company_id
WHERE c.company_id IS NULL
これにより、まだ存在していなかった会社の連絡先からのすべての情報が挿入されます。その列の連絡先には情報がないため、列の電話はnullのままになります。