pt-online-schema-changeを使用して主キーを変更できますか？

そうしないでください。単一列の一意のインデックスがないテーブルでpt-online-schema-changeを実行すると、データが失われる可能性があります。ここで＃3を参照してください： http：/ /www.pythian.com/blog/important-caveats-when-using-pt-online-schema-change/