これは、アップグレード後にコマンドラインツールを再インストールしなかったことが原因である可能性があります。
通常、XCodeは最新バージョン（4.4）にアップグレードする必要があります（10.8に更新したときに、XCodeを含む他の多くのアプリケーションも更新したと思います）。更新後、コマンドラインツールを再インストールする必要があります。これは、XCodeの設定を介して実行できるようになりました：
[設定]->[ダウンロード]に移動し、[コマンドラインツール]をインストールします。
これで、コンパイルが必要なパッケージをインストールするときに問題が発生することはなくなりました。