mysqlは、あるフィールドが別のフィールドにリンクする回数をカウントします

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

これにより、参照ごとに個別のIDの数がわかります。

select ref, count(*) from table group by ref;

これにより、参照ごとのレコード数がわかります。

編集：

これを試して、必要な出力を取得してください。

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

SQLFiddleの例： http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2