MySQLはphpで同時に複数のIDを選択します

簡単なアプローチの1つは、集計を使用します。

SELECT idUser
FROM skills
WHERE idSkill IN (4, 9)
GROUP BY idUser
HAVING MIN(idSkill) <> MAX(idSkill);

上記のクエリはsargable 、適切なインデックスがidSkillを使用できることを意味します 桁。パフォーマンスを向上させるために、このインデックスを追加することを検討してください：

CREATE INDEX idx ON skills (idUser, idSkill);

編集：

このクエリを3つのアイテムに使用します：

SELECT idUser
FROM skills
WHERE idSkill IN (2, 4, 9)
GROUP BY idUser
HAVING COUNT(DISTINCT idSkill) = 3;