Spatialite / mysqlは3Dポイントをサポートしていますか？

はい、Spatialiteは3Dジオメトリをサポートしています （実際には2.5Dジオメトリ）。

なぜそれが機能しないのか、おそらくあなたのジオメトリ列はXYZとして定義されていません 。クエリでジオメトリメタデータを確認できます：

SELECT * FROM geometry_columns;