カンマ区切りの列値を行に分割（展開）します

更新このようにSQLでそれを行うことができます

INSERT INTO branch_table (id, branch_id)
SELECT e.id, SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(e.branch_ids, ',', n.n), ',', -1) branch_id
  FROM eligibility_table e CROSS JOIN 
(
   SELECT a.N + b.N * 10 + 1 n
     FROM 
    (SELECT 0 AS N UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3 UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6 UNION ALL SELECT 7 UNION ALL SELECT 8 UNION ALL SELECT 9) a
   ,(SELECT 0 AS N UNION ALL SELECT 1 UNION ALL SELECT 2 UNION ALL SELECT 3 UNION ALL SELECT 4 UNION ALL SELECT 5 UNION ALL SELECT 6 UNION ALL SELECT 7 UNION ALL SELECT 8 UNION ALL SELECT 9) b
    ORDER BY n
) n
 WHERE n.n <= 1 + (LENGTH(e.branch_ids) - LENGTH(REPLACE(e.branch_ids, ',', '')))
 ORDER BY id, branch_id

エイリアスがnのサブクエリは、 UNION ALL を使用して、この特定のケースでは1から100までの一連の数値（数値または集計テーブル）をオンザフライで生成します。およびCROSSJOIN 。 データベースに実際の集計テーブルがあると便利な場合があります 。
外側で最も内側の SUBSTRING_INDEX（）リスト内のn番目の要素と外部のSUBSTRING_INDEX（）までのすべてを取得します最後の区切り文字の直後のほとんどの部分を抽出して、n番目の要素自体を効果的に取得します。
CROSS JOIN デカルト積である行のセットを生成できます（nに100行、eligibility_tableにすべての行）
WHEREの状態句は、結果セットから不要な行をすべて除外します

注：このクエリは最大100のブランチIDを分割します。多かれ少なかれ必要な場合は、内部サブクエリを編集して制限を調整できます

結果はbranch_table：

| ID | BRANCH_ID |
------------------
|  1 |       621 |
|  1 |       622 |
|  1 |       623 |
|  1 |       625 |
|  2 |       621 |
|  2 |       650 |

これがSQLFiddle です。 デモ