私はあなたが報告したのとまったく同じ問題を抱えていました。私のODBC接続はMySQLODBC5.3 Unicodeドライバー（/usr/local/lib/libmyodbc5w.so）を使用していました。iSQLと接続できましたが、実際のSQLコマンドはガベージを返していました。
代わりにANSIドライバー（/usr/local/lib/libmyodbc5a.so）を使用するようにodbc.iniを変更してみました。これで機能し、RODBCがMySQLデータベースに接続できるようになりました。