構成にschema_filterが含まれているため、同じ問題が発生しました。私のdoctrine.yamlファイル（Symfony 4）には次のものがありました：
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
次のように、スキーマフィルターに「migration_versions」を追加するだけで済みました。
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~