Hour() 一日しか見ていないので、これには便利な機能のようです。おそらく、このようなものがあなたのために働くでしょう:
SELECT * FROM
(SELECT HOUR(time) hour, avg(ph) AS avg_ph
FROM ph
WHERE time >= NOW() - INTERVAL 1 DAY
GROUP BY hour) p
JOIN
(SELECT HOUR(time) hour, avg(temperature) AS avg_temp
FROM temperature1
WHERE time >= NOW() - INTERVAL 1 DAY
GROUP BY hour) t ON t.hour = p.hour
JOIN
(SELECT HOUR(time) hour, avg(solids) AS avg_solids
FROM solids
WHERE time >= NOW() - INTERVAL 1 DAY
GROUP BY hour) s ON s.hour = p.hour;
内部結合を使用しているため、1時間に各テーブルに少なくとも1つのレコードが常に存在することを前提としていますが、それは妥当な前提のようです。