無視して結合された一意のインデックスを適用した後、mysqlで削除する行を設定します

不要なものを削除しようとするのではなく、必要なものを選び、残りを無視したいという問題として考えてみてください。そのように：

CREATE TABLE `other_table` LIKE `part3`;
INSERT INTO `other_table`
SELECT `part3`.*
FROM (SELECT gtu, region, trait, pop, author, risk, MAX(zvalue) AS max_zval
    FROM `part3`
    GROUP BY gtu, region, trait, pop, author, risk
) `tmp`
INNER JOIN `part3` USING (gtu, region, trait, pop, author, risk)
WHERE `part3`.zvalue = `tmp`.max_zval;

これでテーブルother_tableが作成されます これは、データの一意の制約を満たします。 zvalueが最も高い行のみ 保持され、他は削除されます（スキップされます）。