PDOを介してMySQLにdoubleを挿入する際の精度の低下

それは意図的なものでも、何か間違ったことをしているわけでもありません。 PHPのバグのようです。

このバグレポート によると 、PHP 5.2.11で修正されましたが、最近では5.3ブランチで修正されているため、正確なPHPバージョンをそこに記載されているものと照合することをお勧めします。