多対多の関係は、によって選択して注文します

おそらくこれに似たものです：

SELECT
    a.person_id
FROM
    table AS a,
    table AS b
WHERE
    a.person_id = b.person_id AND
    a.favorite_id = 1 AND
    b.favorite_id = 2
ORDER BY
    ( IF( a.is_main_favorite = "y", 1, 0 )
      +
      IF( b.is_main_favorite = "y", 1, 0 ) ) DESC

ちなみに、IF呼び出しが不要になるように、データベースにy/nではなく1/0を格納することをお勧めします