選択クエリを使用して挿入クエリに値を渡す

サブクエリでは角かっこを使用する必要があります。これを試してください：

  query = "INSERT INTO empallowance(emp_id_fk,allowance_id_fk) VALUES((SELECT emp_id FROM employee WHERE emp_cnic='" + cnic + "'),@allowance_id_fk)";