1. file()は使用しないでください データを行ごとに本当に必要な場合を除きます。 file_get_contents()
2. $query==file($file_name); ここで比較したくないと思います。
3. mysql_query 一度に1つのクエリのみを実行します。ファイル内のクエリを分離して1つずつ実行する方法を考え出す必要があります。