さて$company->employees コレクション->idを返します はコレクション内のプロパティではないため、エラーが発生します。
従業員のすべてのIDを含む配列を取得する場合は、次のようにします。
$company->employees()->lists('id');
これを読んでlaravelを使用している場合^5.3.* その場合、答えは次のようになります。
$company->employees()->pluck('id');
これにより、すべてのIDを持つコレクションが返されます。配列にしたい場合は、->toArray()をチェーンできます。 その背後にあります。